Com a finalidade de afirmar e valorizar a sua identidade institucional o Tribunal de Contas de Mato Grosso instituiu sua Bandeira, através de resolução de iniciativa do presidente, conselheiro José Carlos Novelli, aprovada recentemente pelo Tribunal Pleno.
Na parte esquerda do retângulo em cor azul nasce um triângulo branco, cujo vértice se abre em direção à extremidade direita em uma faixa também branca, contornada por uma faixa dourada. O triângulo traz no centro o Brasão do Estado de Mato Grosso. A logomarca do TCE, em cor sépia, sobrepõe a faixa branca com a coluna estilizada e três pilares na cor azul petróleo.
O Brasão do Estado chama a atenção para a mensagem em Latim ¿Virtute Plusquam Auro¿, cuja tradução é ¿Pela virtude mais que pelo ouro¿.
A tonalidade branca é uma representação da paz e harmonia na política, do otimismo e a dignidade que devem estar presentes no Estado. Sua forma geométrica corresponde a congruência das contas dos municípios para a análise do Tribunal de Contas do Estado e a reciprocidade desta corte em relação aos jurisdicionados.
A tonalidade azul petróleo representa sobriedade, seriedade e credibilidade que devem encerrar as decisões da Corte de Contas Estadual. Representa também a evolução de um princípio espiritual, a busca da perfeição.
A imagem de uma coluna estilizada faz referência às colunas dos Tribunais da antiguidade. Os três pilares representam equilíbrio, base sólida, idoneidade. O semi-círculo, é chamado de acento gráfico, que tem a função de quebrar o equilíbrio dos outros elementos como se fosse uma dúvida, um questionamento, que está diretamente associado ao papel do Tribunal na análise das contas públicas