Os recursos financeiros do FUNDEF devem ser movimentados em conta corrente única, sendo vedada legalmente a distribuição em contas distintas. Essa informação consta em resposta elaborada pelo conselheiro Branco de Barros a consulta formulada pela Prefeitura Municipal de Cláudia, questionando sobre a possibilidade de creditar os recursos em duas contas, sendo uma com 60% e a outra com 40%. Segundo a fundamentação do voto, tal possibilidade não existe e o controle desses gastos deve ser realizado contabilmente.